L’Église médiévale est traversée par de nombreux mouvements de réformes, acceptées par les autorités (réformes de Grégoire VII, de François d’Assise…) ou déclarées hérétiques (Vaudois, Cathares…). Au XVIe siècle, une nouvelle vague de contestations religieuses, portée par les progrès de l’imprimerie, conduit à la division de l’Église (ou schisme). Ce mouvement est appelé Réforme ou Réformation et aboutit à la naissance des Eglises chrétiennes protestantes.

La Réforme est lancée en 1517 en Allemagne lorsque le moine allemand Luther publie ses 95 thèses qui dénoncent le principe des indulgences. Elle gagne rapidement la Scandinavie, les Pays-Bas et la Suisse où elle se développe sous l’impulsion du théologien français Jean Calvin, qui s’établit à Genève. La Réforme pénètre également en France (ses adeptes y sont appelés Huguenots). Elle y est toutefois violemment combattue par le pouvoir catholique, comme aux Pays-Bas et en Allemagne. L’Europe s’enflamme alors sous l’effet des « Guerres de religion » (seconde moitié du XVIe s.).

La Réforme catholique (autrefois appelée aussi Contre-Réforme, terme jugé trop réducteur par les historiens) est un mouvement qui naît au sein de l’Eglise catholique romaine au XVIème siècle pour limiter l’expansion du protestantisme mais aussi pour tenter de réformer une Église catholique en déroute. La naissance d’ordres réformateurs, comme la Compagnie de Jésus ou l’Oratoire, mais aussi les débats autour des questions doctrinales et disciplinaires lors du Concile de Trente (1545-1563) ont permis l’émergence d’un clergé plus instruit, mieux formé et plus apte à mener efficacement leur tâche pastorale.