Même en ne se focalisant que sur les cyanobactéries, une méthodologie multiple peut s’avérer éclairante. « Par exemple, l’ADN d’une des espèces est présent dans chaque couche de sédiments (l’OTU 16ST58, cfr tableau ci-dessus, Ndlr). En réalité, ce sont de petites Synechococcus, des cyanobactéries unicellulaires d’un diamètre d’un micron. Une hypothèse possible est que leur ADN est mieux protégé lors de la fossilisation. Ce pourrait être la raison pour laquelle on les retrouve systématiquement ».

Cette hypothèse peut être illustrée par une autre observation. Actuellement, le fond du lac Beak 2 est recouvert d’un tapis de cyanobactéries qu’on ne retrouve pas dans les sédiments étudiés. Donc, elles ont été observées lors de l’échantillonage, mais une fois mortes, il n’y a plus aucune trace d’elles (sauf l’OTU 16ST44 à 5 et 10 cm). Pas même d’ADN. Il faut réussir à comprendre pourquoi. En attendant, ces anomalies constituent une limite dans la méthodologie. Mais cette dernière présente un autre avantage, qui est une plus grande précision sur la diversité des communautés. « Pour les cyanobactéries toujours en vie, on a la chance de pouvoir cumuler l’analyse ADN et la microscopie. Ce qu’on remarque en analysant l’ARNr 16S, c’est que des cyanobactéries de même morphologie cachent une grande diversité génétique. Il est important de noter ces différences, car il semble y avoir plusieurs processus qui se passent en même temps, conclut la chercheuse. Les fossilisations sont différentes selon le groupe taxonomique, et ces groupes se distinguent par des caractéristiques comme la présence ou non de spores qui résistent mieux aux agressions extérieures, ou de parois plus épaisses et plus protectrices). »

Une évolution prometteuse

En définitive, cette étude de faisabilité est encourageante. La présence passée de cyanobactéries dans deux lacs a pu être prouvée par l’analyse d’ADN fossiles. Il reste à savoir dans quelles proportions la cause de la variation de ces ADN est simplement d’origine climatique, ou si elle est due à des facultés de conservation meilleures ou moins bonnes suivant les espèces. Une observation à l’aide de plusieurs outils permettra de préciser ces points.

Quoi qu’il en soit, l’analyse d’ADN fossile est encore à ses débuts et risque bien de devenir un marqueur paléolimnologique de premier plan dans les années à venir. Elle permettra d’étudier des aspects nouveaux des variations passées de notre planète, notamment par l’observation d’espèces non fossilisées. D’autant que les techniques de séquençage d’ADN font des progrès aussi constants que fulgurants, et qu’elles permettent d’observer avec de plus en plus de fidélité et de facilité les résidus des codes génétiques présents et passés. Des avancées technologiques qui permettent jusqu’à une meilleure compréhension des variations climatiques de notre planète.