Si les cellules de cyanobactéries ne résistent pas bien à la fossilisation, l’hypothèse menant au développement d’une troisième méthode était qu’une partie de leur ADN, elle, restait présente dans les couches de sédiments. En parvenant à isoler, à extraire et à amplifier ces séquences, les chercheurs allaient pouvoir observer la présence et l’évolution des communautés de cyanobactéries sur les derniers siècles. Une méthode qui en définitive a porté ses fruits, puisque les chercheurs ont pu retrouver des séquences d’ADN de ces bactéries sur les 3000 dernières années. « En trouvant dans les couches successives de sédiments des ADN de cyanobactéries, on était dès lors certains qu’elles avaient peuplé le lac à une période donnée. Cet ADN ne pouvait pas arriver de nulle part. »

Une étude possible grâce à la PCR

L’observation par microscope et l’extraction des pigments sont deux études dites ‘classiques’, mais qui ne permettent pas à elles seules de tout étudier. L’idée des deux biologistes était donc de chercher des résidus d’ADN, d’en amplifier les séquences codant pour un marqueur taxonomique (l´ARN ribosomique 16S ou ARNr 16S) et d’isoler ces dernières par DGGE. En fonction de ce patrimoine génétique et par comparaison à des séquences étalons, il était dès lors possible de déterminer qui en étaient les propriétaires. En fonction de leurs degrés de similitude réciproques, ces séquences ont ensuite été classées en Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU). En définitive, une certaine diversité de séquences d’ADN a été découverte.