Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) en anglais

Quand on veut extraire une séquence d’ADN d’un mélange de séquences provenant d’ un échantillon de carotte de sédiments, par exemple, il faut utiliser des techniques pour parvenir à épingler cette séquence. La DGGE est une de ces techniques. C’est une méthode de séparation et d’isolation de séquences d’ADN sur base de leurs caractéristiques de dénaturation (voir Réaction de polymérisation en chaîne).

Chaque ADN est différent. Ce qui les différencie, c’est la chaîne de nucléotides. Les A, qui se lient avec les T, et les G qui se lient avec les C. Les liaisons AT sont moins solides que les liaisons GC, et se dénaturent plus facilement.

Dans le cas de la DGGE, la dénaturation ne se fait pas par une augmentation de la température, mais à l’aide d’un dénaturant chimique, placé sur un gel chargé en électricité. Plus on se trouve proche du pôle positif du gel, plus la solution est concentrée en dénaturant chimique. Placés sur le gel, les ADN, chargés négativement, vont migrer vers le pôle positif. Les ADN comprenant plus de liaisons AT, moins solides se dénatureront plus vite, et s’immobiliseront dans le gel. A l’inverse, les ADN davantage composés de GC devront migrer plus loin dans le gel, là où le dénaturant est plus concentré.

Les différentes chaînes d’ADN seront donc isolées. Il suffira ensuite d’extraire la séquence voulue, et d’appliquer la PCR pour l’amplifier, l’observer, et savoir enfin à quelle espèce appartient cette séquence, notamment en y observant l’ARN ribosomique 16S.

La DGGE n’est qu’une méthode parmi beaucoup d’autres. Mais le séquençage d’ADN est en constante évolution depuis une petite trentaine d’années. Des techniques performantes de séquençage à haut débit voient le jour, et commencent à se démocratiser.