Dans le sillage des « crises alimentaires » que nous avons connues ces dernières années, le récent scandale lié à la viande de cheval décelée dans des préparations où on ne l’attendait pas, a bien entendu posé une énième fois la question du contrôle de la chaîne alimentaire, de la même manière qu’il a souligné l’importance des analyses alimentaires en laboratoire. Ces  analyses préoccupent depuis longtemps le département des Sciences des Denrées alimentaires de l’Université de Liège, emmené par le Pr Georges Daube. Lequel vient de développer avec Bernard Taminiau un dispositif d’investigation microbiologique des aliments — l’analyse métagénomique ciblée de la biodiversité microbienne — qui fait d’ores et déjà l’objet d’un vif intérêt dans le secteur agro-alimentaire. Basée sur le séquençage de brins d’ADN des germes que l’on veut analyser, cette méthode permet soit de les identifier précisément, soit, s’ils ne sont pas encore connus, de les caractériser. Cette nouvelle méthode permet aussi de dénombrer les germes ou du moins de donner des proportions de chaque type de germes par rapport aux autres. Prochain objectif des chercheurs liégeois: connaître précisément les quantités de chaque germe au nombre près.

“Nous avons, ces dernières années, connu plusieurs crises alimentaires, qui ont toujours débuté au stade de l’alimentation animale: des graisses dans l’alimentation animale, dans le cas de la crise de la dioxine; des farines animales données à manger aux bovins, dans le cas de la crise de la vache folle; etc. Ceci veut notamment dire, explique le professeur Georges Daube, que pour nous assurer de disposer d’aliments sains au bout de la chaîne alimentaire, il importe de la contrôler dans son ensemble, chaque niveau pouvant être l’occasion d’une entrée de germes.”

Depuis 2006, une nouvelle législation alimentaire est en place: la General Food Law, qui rassemble les règles générales d’application dans l’industrie agro-alimentaire. Il y est spécifié, notamment, qu’un aliment ne peut se trouver sur le marché que s’il n’est pas préjudiciable à la santé du consommateur: absence de micro-organismes pathogènes, de substances toxiques. Bref, un aliment ne peut être contaminé et, partant, rendre malade. A chaque niveau de la chaîne alimentaire, le cadre législatif européen impose une méthodologie de contrôle dite HACCP (Hazard Analysis & Critical Control Points). Dans la foulée de cette loi-cadre, l’Europe a édicté une série de règlements d’application, précisant, pour une part, les obligations des « opérateurs » — c’est-à-dire chaque maillon de la chaîne alimentaire: les éleveurs, les abattoirs, les ateliers de découpe, les distributeurs — et, d’autre part, les modalités des contrôles officiels.

Le règlement d’application s’imposant aux opérateurs regroupe également un ensemble de normes liées aux micro-organismes, que doivent respecter tous les aliments circulant à l’intérieur de l’espace européen. Parmi ces normes, on distingue des critères de sécurité, qui ont directement trait aux bactéries dangereuses pour la santé du consommateur, et des critères de qualité des processus de fabrication, appelés critères d’hygiène, que doivent respecter toutes les entreprises de l’agro-alimentaire au sein de l’Union européenne. C’est par rapport à ces critères microbiologiques de sécurité et de qualité des aliments que l’on décide de l’acceptabilité d’un produit, d’un lot de produits ou d’un procédé, en se fondant sur l’absence ou, à tout le moins, sur un nombre suffisamment bas de micro-organismes par unité de volume ou de surface. Autrement dit, l’objectif est qu’un produit donné reste comestible entre le moment de sa fabrication et le moment où nous le mettons en bouche, avant sa date de péremption. Etre comestible implique que ce produit ne contienne pas trop de micro-organismes pathogènes. Certains germes pathogènes sont dangereux à faibles doses et doivent donc être présents dans les aliments dans des quantités inférieures à 1/25 gr (1 germe par 25 gr), tandis que d’autres, très peu dangereux, peuvent être ingérés jusqu’au million sans causer d’infection ou d’intoxication. Autrement dit, un consommateur ne sera malade que s’il ingurgite des micro-organismes en doses supérieures à ce qu’il est convenu d’appeler la ‘dose minimale infectieuse’.