En quelques mois, un nouveau virus a réussi à infecter une large majorité des ruminants d’Europe. Peu inquiétants chez les animaux adultes, les signes cliniques sont par contre impressionnants chez les fœtus touchés durant la gestation : avortement, hydrocéphalie, atrophies musculaires. Une équipe du laboratoire de Pathologie de l’Université de Liège suit cette nouvelle épidémie de près.

En automne 2011, des éleveurs et vétérinaires de l’est des Pays-Bas et de l’ouest de l’Allemagne découvrent les premiers signes cliniques d’une nouvelle épizootie. Leurs vaches, moutons et chèvres présentent de la fièvre, des diarrhées et une diminution de la production de lait. Ces symptômes touchant très vite un grand nombre de bêtes d’une même exploitation et étant identifiés dans de nombreuses fermes d’une région géographique donnée, la situation ressemble alors bel et bien à la naissance d’une nouvelle épidémie. Restait à trouver et à comprendre la nature de celle-ci pour pouvoir juger de la gravité de la situation et l’enrayer au plus vite. Car si les signes cliniques ne sont pas alarmant chez les ruminants adultes, ceux que présentent les fœtus infectés au cours de la gestation sont nettement plus impressionnants. « Les symptômes observés chez les animaux adultes sont peu spécifiques et ne durent qu’environ une semaine. Par contre, ce nouveau pathogène peut provoquer des avortements et de graves malformations, notamment au niveau du système nerveux chez les jeunes animaux infectés pendant la gestation »,  explique Mutien-Marie Garigliany, docteur en médecine vétérinaire et assistant-chercheur au laboratoire de Pathologie de l’ULg que dirige le Professeur Daniel Desmecht.

Un nouveau virus hybride

Des chercheurs de l’Institut Friedrich-Loeffler (FLI), le principal organisme fédéral allemand de recherche sur la santé animale, n’ont donc pas traîné à rechercher les causes de cette épidémie. Comme les analyses classiques ne donnaient pas de résultats, les scientifiques ont lancé une étude métagénomique. « Cela consiste à amplifier de manière aléatoire tous les morceaux d’ARN et d’ADN que contiennent les prélèvements effectués sur des animaux atteints de la maladie et à tout séquencer ensuite », indique Mutien-Marie Garigliany. En amplifiant de la sorte tout le matériel génétique, les chercheurs sont tombés sur beaucoup de choses sans intérêt telles que des morceaux du génome des animaux malades ou encore du matériel génétique appartenant à des pathogènes classiques des ruminants. « Mais ils ont également mis le doigt sur un génome viral de type Orthobunyavirus proche de celui du virus Shamonda et ils se sont demandé si le problème ne venait pas de là », précise le chercheur liégeois. Sur base des premières séquences obtenues, l’équipe du FLI a créé une première PCR (pour « réaction de polymérisation en chaîne ») et s’est rendu compte que tous les prélèvements d’animaux qui présentaient les signes cliniques contenaient du matériel génétique en provenance de ce virus !

Une fois ce premier constat établi, les scientifiques allemands ont analysé de plus près les morceaux de génome viral. Ils ont alors découvert que le pathogène en cause n’était pas le virus Shamonda mais un nouveau virus. « Comme le virus de la grippe, ce nouveau virus est composé de plusieurs segments génomiques », souligne Mutien-Marie Garigliany. « Le virus de Schmallenberg, du nom de la ville allemande où ont été décelés les premiers cas, contient trois segments génomiques dont deux proviennent du virus Shamonda et un du virus Sathuperi », poursuit-il. Connus et identifiés depuis longtemps, en Afrique d’abord et en Asie ensuite, ces deux virus sont plutôt inoffensifs. « La combinaison particulière des segments génomiques telle qu’on la retrouve chez le virus de Schmallenberg engendre une virulence qui n’est pas observée chez les virus « parents » », indique le chercheur.