Le domaine RRM, déjà présent chez l’ancêtre commun universel ?

Au-delà de la lumière qu’elle apporte sur l’évolution des protéines SR, cette étude phylogénétique gargantuesque touche aussi à la superstructure de l’arbre du vivant. En montrant qu’un grand nombre de bactéries présentent des protéines contenant un domaine RRM fort semblable à celui des protéines SR des Eucaryotes, elle suggère en effet que ce domaine existait potentiellement chez le dernier ancêtre commun universel (LUCA pour Last Universal Common Ancestor). « Ce domaine est extrêmement bien conservé et présente des motifs identiques chez les Eucaryotes et les Procaryotes. Au vu de leur complexité et de leur proximité phylogénétique, il est peu probable que ces domaines RRM soient apparus (ou aient été transférés) indépendamment chez ces deux groupes », explique Denis Baurain.

Alors que de nombreux scientifiques pensent que les Eucaryotes (beaucoup plus complexes, notamment leur machinerie) sont issus de la fusion entre une archée et une bactérie (deux organismes procaryotes, donc), d’autres soutiennent la vision plus classique qu’archées, bactéries et Eucaryotes ont évolué séparément à partir de LUCA. Même si l’étude du RRM ne permet pas de trancher entre ces deux hypothèses, elle infirme toutefois l’idée que LUCA était un organisme pourvu d’une machinerie très simple, ce qui ouvre la porte à une réhabilitation de l’hypothèse traditionnelle. « On retrouve le domaine RRM chez les Eucaryotes et chez certaines bactéries. On peut donc raisonnablement imaginer que ce domaine était présent chez LUCA et qu’il ait ensuite disparu, au cours de l’évolution chez les archées et chez certaines bactéries », conclut Patrick Motte.

L’importance de l’étude phylogénétique menée par les deux équipes des Professeurs liégeois n’a pas échappé à la communauté scientifique. Ainsi, elle a non seulement fait l’objet de la couverture du journal Plant Physiology en février dernier, mais a également attiré l’attention de Faculty of 1000, une organisation scientifique internationale rassemblant plus de 10 000 experts en biologie et médecine qui évaluent la qualité des publications dans ces domaines, qui l’a commentée très positivement (« must read ») et recommandée comme exemple à suivre pour d’autres études en phylogénie.