« L’expression d’un grand nombre de gènes est régulée par un épissage alternatif. Chez l’homme par exemple, de récentes études montrent que cela concernerait 95% des gènes », précise Patrick Motte. C’est l’épissage alternatif qui est à l’origine de la grande diversité de protéines produites à partir d’un nombre limité de gènes. « Pour reprendre l’exemple de l’homme, lors du séquençage du génome humain, les scientifiques se sont étonnés de ne compter que 30 000 gènes. Cela leur paraissait très peu au vu de la complexité de notre organisme. En effet 30 000 gènes, c’est également ce que contient le génome de la plus petite espèce végétale à fleurs… On sait maintenant que l’épissage alternatif est le processus prépondérant menant à la grande diversité des protéines », continue le Professeur.

Retracer l’histoire évolutive des protéines SR

Qu’il soit constitutif ou alternatif, l’épissage nécessite un édifice macromoléculaire complexe appelé particule d’épissage (ou spliceosome) et qui est elle-même constituée d’une centaine de protéines différentes. Parmi elles, on compte les protéines SR, baptisées comme cela en raison de leur domaine riche en dipeptides sérine-arginine. « Les protéines SR participent à l’assemblage de la particule d’épissage, à la sélection des sites d’épissage et au maintien ou non d’introns et d’exons dans l’ARNm », indique Patrick Motte.

C’est dans le cadre de la nouvelle thématique de recherche concernant l’épissage alternatif que Patrick Motte a développée qu’il a commencé à s’intéresser aux protéines SR. Alors qu’il travaillait sur ces protéines, le scientifique a voulu leur déterminer leur origine au cours de l'évolution et, en particulier, savoir si elles étaient présentes chez toutes les plantes. « A mon humble niveau, je me suis mis à comparer et aligner quelques séquences de la lignée verte (algues vertes et plantes terrestres) en vue d’étudier leur évolution mais cela est vite devenu fort complexe. C’est pourquoi j’ai demandé au Professeur Denis Baurain si cela l’intéressait de collaborer pour cette étude », explique Patrick Motte. 

Le contact établi, les chercheurs décident de faire les choses en grand. Plutôt que de se limiter à analyser la présence des protéines SR au sein de la lignée verte , ils s’attaquent à rechercher la présence de protéines SR à l’échelle de l’arbre du vivant ! « Nous avons étendu cette étude à de nombreuses espèces pour lesquelles, au moment de l’étude, le protéome, c’est-à-dire l’ensemble des protéines, était connu », précise Patrick Motte. L’idée était, entre autres, de pouvoir répondre à la question suivante: les protéines SR étaient-elles déjà présentes chez le dernier ancêtre commun des Eucaryotes ?