Un premier round peu concluant

Pour trouver le gène qui contient la mutation responsable dudit phénotype, les chercheurs de l’Unité Génomique animale, dirigée par Michel Georges, sont donc partis à la recherche d’un morceau de chromosome ancestral, un segment de chromosome où la mutation s’est produite à l’origine, commun à toutes les vaches qui présentent ce phénotype. « Nous avons comparé le génome de bovins présentant le phénotype « blanc-dos » et celui de bovins contrôles qui ne présentaient pas ce phénotype de robe. Et nous avons trouvé une région commune aux vaches qui présentent le phénotype qui nous intéresse sur le chromosome 29 », révèle la scientifique. Malheureusement cette région était connue pour ne contenir qu’un seul gène, sans intérêt pour cette recherche. En effet, ce dernier n’est pas exprimé au niveau des mélanocytes. « Nous sommes restés bloqués à ce stade pendant près de deux ans », se souvient Carole Charlier. 


C’est tout à fait par hasard que ce projet est remonté à la surface par la suite : « Keith Durkin, un post-doctorant irlandais qui a rejoint notre laboratoire, travaillait sur un autre projet visant à établir un catalogue de tous les variants structuraux au niveau du génome bovin », reprend la chercheuse. Les variants structuraux, ou polymorphismes structuraux, sont tous types de variations que l’on peut observer au sein du génome des individus d’une même espèce telles que des délétions, duplications, translocations, inversions, insertions de fragments d’ADN. « Pour effectuer sa recherche Keith a utilisé les données produites par le laboratoire au cours des dernières années. Ce sont des données de génotypage du génome entier effectuées à partir du génome de 6000 à 7000 bovins de races différentes », indique Carole Charlier. Au sein de ces données, le chercheur irlandais recherchait plus précisément des polymorphismes de type structuraux que l’on appelle « copy-number variation », c’est-à-dire qui se traduisent par la délétion, duplication ou multiplication de sections d’ADN.


Sur les milliers de variants de ce type décelés, Keith Durkin en a sélectionné certains, soit parce qu’ils avaient une taille importante, soit parce qu’ils contenaient des gènes potentiellement impliqués dans des phénotypes intéressants. « Parmi ces variants structuraux, l’un d’eux contenait le gène KIT connu pour engendrer un phénotype de robe particulier lorsqu’il est muté », révèle la scientifique. « Et à partir de là, nous nous sommes également rendu compte que le génome d’un certain nombre d’animaux de notre base de données contenait ce gène dupliqué et qu’ils partageaient tous le phénotype de robe « blanc-dos » ! ».