L’open access en question
« Rendre l’information publique fait partie de notre métier », estime Guillaume Lobet. « Nous ne sommes pas des éditeurs ; nous sommes payés par les pouvoirs publics et, mis à part le fait que si nous ne rendons par l’information publique, nous n’en récoltons pas les lauriers, nous avons le devoir de le faire. Par ailleurs, la matière première est publique. On ne divulgue rien. Ce qui est partagé, c’est l’effort intellectuel de la compilation».
Publié récemment dans le journal Nucleic Acids Research, l’article (1) relatif à FLOR-ID devrait permettre à ce dispositif innovant de se faire connaître de la communauté scientifique. « Il reste très difficile de valoriser une initiative gratuite de mise à disposition de l’information. Cette revue de littérature ne se soumet pas à un journal comme d’autres revues de littérature. C’est un format que beaucoup ne sont pas encore prêts à accueillir. Nous avons donc publié ce papier à l’occasion d’une édition consacrée aux bases de données. Et l’article a été très bien reçu », commente Claire Périlleux.
![FLORID]( "FLORID.")
Dans un domaine où de nouveaux articles paraissent tous les mois, FLOR-ID se distingue surtout par son caractère évolutif. À tout moment, chaque visiteur peut soumettre, via un formulaire en ligne, de nouvelles informations. Celles-ci sont alors vérifiées, puis intégrées. « Ce système nous permet de ne pas devoir produire à chaque fois un nouveau schéma. La curation manuelle – nous vérifions nous-mêmes chaque information soumise – assure par ailleurs une grande fiabilité », précise Guillaume Lobet.
Une telle base de données, ouverte et évolutive, n’est évidemment pas sans poser la question de la gratuité. « Dans le contexte actuel de la recherche, où les laboratoires fonctionnent avec des fonds limités, rendre ces bases de données accessibles à tous est essentiel », estime Frédéric Bouché. Mais pour les bases de données qui requièrent un travail de curation conséquent et l’utilisation de puissants serveurs informatiques, la souscription payante semble parfois incontournable. Frédéric Bouché donne en exemple la base de données TAIR (The Arabidopsis Information Resource) qui, avec un budget de fonctionnement annuel de 1,6 million de dollars, a opté, suite à l’arrêt de ses subsides, pour une solution intermédiaire : l’accès payant aux données publiées dans le courant de l'année écoulée. « En tant qu’universitaires, nous ne sommes pas dans une logique économique. Néanmoins, à un certain stade de développement, la question pourrait se poser pour FLOR-ID, par exemple s’il fallait engager quelqu’un pour la maintenir à jour. C’était aussi une exigence de Nucleic Acids Research : que la base de données soit maintenue cinq ans après la publication. C’est évidemment ce que nous souhaitons mais cela amènera en effet d’autres questions », expliquent les chercheurs.
Enfin, la pérennisation du projet suppose la collaboration avec d’autres équipes spécialisées dans la génétique du monde végétal. « La génétique de la floraison connaît de nombreux développements mais on pourrait imaginer le même type de support pour les gènes impliqués dans la fécondité, la formation du pollen, etc. L’idéal serait de faire grossir cette base de données de manière connexe car on sait qu’il existe des initiatives de ce type, mais les laboratoires ne les rendent pas nécessairement publiques. Rendre un support "users friendly" exige en effet des efforts supplémentaires », explique le Pr Claire Périlleux. Avec l’apparition de ces nouveaux outils, la problématique du partage des connaissances, au sein et en dehors de la communauté scientifique, est plus que jamais centrale.
