Génétique de la floraison : une nouvelle base de données
02/02/16

La base de données conçue par le laboratoire de physiologie végétale de l’Université de Liège est un outil pédagogique mais aussi une précieuse base de travail pour les chercheurs, dans un domaine où les connaissances sont soumises à une croissance exponentielle. Elle est constituée de   snapshots (schémas d’ensemble) entièrement « cliquables » pour accéder à l'information sous-jacente. Le site fournit également l’ensemble des références des articles scientifiques (1646 à ce jour !) ayant permis d’établir ces données, avec des liens directs vers les publications.

Le laboratoire de Physiologie végétale de l’ULg est spécialisé dans l’étude de la floraison depuis plusieurs décennies. « Notre alimentation est basée en grande partie sur la disponibilité de fruits. Pensez à la farine, obtenue de grains de blé. Le grain de blé, c’est un fruit. Or s’il n’y a pas de floraison, il n’y a pas de fruit », rappelle par exemple le Pr Claire Périlleux, directrice de ce laboratoire. Si la floraison conditionne au premier degré l’alimentation humaine, le contrôle que l’on peut faire de ce processus est tout aussi important. « Si une salade fleurit, elle n’est plus commercialisable», explique la chercheuse. De par son rôle central dans le maintien et l’évolution des espèces végétales, la floraison, à la base de la reproduction, est aussi au cœur des enjeux de la biodiversité.

« C’est à partir des années 1990 que le domaine de la floraison a été investigué d’un point de vue génétique autour du modèle Arabidopsis thaliana», poursuit le Pr Claire Périlleux. Surnommée « souris blanche de la biologie végétale », cette plante a vu son génome entièrement séquencé en l’an 2000. Elle sert désormais de porte d’entrée pour l’ensemble des recherches en génétique de la floraison. « Une découverte fondamentale faite chez cette espèce ouvre souvent la porte à des découvertes tout aussi fondamentales chez d’autres espèces. Beaucoup d’équipes asiatiques travaillent par exemple sur le riz. Or, jusqu’à présent, la plupart des données à propos d’Arabidopsis thaliana ont permis d’avancer dans la connaissance de la floraison du riz. Mais cela est aussi vrai pour la tomate, la pomme de terre, etc. » (Lire: Le cocktail de la floraison )

Arabidopsis thaliana

1646 articles en quelques clics

Au fil des années, les connaissances en génétique de la floraison ont connu, grâce à ce modèle clef, une croissance exponentielle. « Pour les personnes qui débutent dans le domaine, le sujet est devenu très complexe à aborder. Plusieurs fois par an, des chercheurs écrivent des reviews. Nous utilisons aussi de plus en plus des représentations graphiques – des schémas récapitulatifs appelés "snapshots" – pour mieux visualiser l’ensemble de cette masse de données », explique le Pr Claire Périlleux. Pendant son doctorat au sein du laboratoire de Physiologie végétale, Frédéric Bouché, confronté à ce problème de gestion de l’information – et par ailleurs passionné d’informatique et de graphisme –, a ainsi mis sur pied sa propre base de données. « Nous nous sommes rendus compte que ce qu’il faisait pouvait être d’une grande utilité, non seulement pour les chercheurs du laboratoire qui n’avaient pas cette facilité à gérer et à représenter la littérature mais aussi pour le reste de la communauté scientifique », explique Claire Périlleux. Frédéric Bouché rencontre alorsGuillaume Lobet, post-doctorant FNRS, également passionné de nouvelles technologies. Ensemble, ils décident de transformer cette base de données en un site internet baptisé « Flowering Interactive Database » [FLOR-ID]. « Cette base de données contient quelque 1646 articles scientifiques. Le format interactif permet d’accéder facilement à l’information. »

Les snapshots sont ici entièrement « cliquables », tant au niveau des gènes répertoriés que des lignes qui montrent les interactions entre ces gènes. Le site fournit également l’ensemble des références des articles scientifiques ayant permis d’établir ces données, avec des liens directs vers les publications. « Nous veillons à ce que les informations soient faciles à extraire, pour que les chercheurs puissent les réutiliser dans leurs propres analyses et présentations. Cela permet de gagner un temps précieux », explique Guillaume Lobet. « Il est aussi possible d'interroger la base de données sur tel ou tel gène spécifique », ajoute Claire Périlleux. Ces différentes portes d’entrées et niveaux de complexité permettent un usage « à la carte », depuis l’étudiant jusqu’au chercheur confirmé. « Nous proposons une information déjà digérée mais pour autant, cela ne dispense pas le lecteur de toute réflexion », précise le Pr Périlleux. Il est même permis de penser que ces raccourcis vers la connaissance laissent davantage de temps et de disponibilité pour la recherche dans ce qu’elle a de plus inventif.

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