Les explosions de biodiversité sous la loupe

« Nous sommes en quelque sorte des méthodologistes empiristes. Nous identifions les zones les plus floues et compliquées de l’arbre du vivant et nous y attaquons les unes après les autres pour finir par dresser un arbre complet », indique Denis Baurain. Outre l’homoplasie et les problèmes d’orthologie, les spécialistes en phylogénie sont confrontés à d’autres difficultés. « A l’aube du Cambrien, voici 550 millions d’années, il y a probablement eu une explosion de la diversité animale. Or, il est parfois difficile de retracer la chronologie d’évènements qui se déroulent de manière si rapide », continue le chercheur. Les épisodes de diversification brutale donnent en effet du fil à retordre aux spécialistes. Durant ces épisodes les organismes évoluent vite pour rester compétitifs et coloniser de nouvelles niches écologiques. C’est ce qu’on appelle la radiation adaptative. « Cela a été le cas notamment pour les mammifères modernes, qui se sont diversifiés en très peu de temps », précise Denis Baurain. De plus, comme la levure, il arrive que les êtres vivants évoluent dans une direction régressive, c’est-à-dire perdent en complexité par rapport à leurs ancêtres. « C’est pourquoi les parasites sont souvent pris à tort pour des organismes primitifs ».

Homoplasie, duplication et transferts de gènes, radiation adaptative, régression, l’histoire évolutive est loin d’être un long fleuve tranquille aisé à remonter. Mais, la phylogénomique – « à condition d’être utilisée convenablement », souligne Denis Baurain – est très efficace et devrait permettre aux spécialistes d’élucider un à un les mystères de l’arbre du vivant.