La phylogénie a pour but d’établir les liens de parenté entre les organismes de notre planète et de dresser l’arbre du vivant. Depuis quelques années, une variante « haut débit » de cette discipline a vu le jour : la phylogénomique. Grâce au séquençage complet du génome de nombreux organismes, les scientifiques sont aujourd’hui capables de comparer une multitude de gènes chez diverses espèces. Si la phylogénomique a déjà permis de grandes avancées dans la reconstruction de l’arbre du vivant, il arrive aussi qu’elle parvienne à des conclusions erronées, comme le souligne Denis Baurain dans un article publié en collaboration dans PLoS Biology.

À quoi ressemblait le premier animal apparu sur Terre ? Question simple à laquelle il reste pourtant difficile de donner une réponse. Diverses disciplines scientifiques, chacune avec leurs moyens, tentent de remonter la trace des êtres vivants jusqu’au premier animal. La plus connue de ces disciplines est la paléontologie. Les paléontologues reconstituent l’histoire de la vie terrestre à partir de vestiges du passé, les fossiles. En effet, la multitude de créatures qui se sont succédé sur Terre y ont laissé des traces que les paléontologues recherchent et interprètent. Il arrive fréquemment que les journaux relatent la découverte d’un nouveau fossile témoignant de l’existence passée de l’une ou l’autre espèce.

Moins connue du grand public, une autre discipline scientifique s’attèle à remonter le temps du vivant : la phylogénie. « La phylogénie est la science qui cherche à identifier les relations de parenté entre les êtres vivants avec pour but ultime de reconstruire l’arbre du vivant depuis l’origine de la vie », explique Denis Baurain, chercheur à l’Unité de Génomique Animale du GIGA et à la Faculté de Médecine Vétérinaire de l’ULg. « Dans le cas des animaux, nous aimerions découvrir à quoi ressemblait notre dernier ancêtre commun et savoir s’il était simple ou complexe », poursuit le chercheur pour qui la phylogénie est une véritable passion.

Les relations de parenté, établies au fur et à mesure de la progression des connaissances scientifiques, sont représentées par un arbre phylogénétique. Sur cet arbre, un peu à l’image d’un arbre généalogique, les organismes actuels occupent les feuilles terminales tandis que chacun des noeuds internes représente l’ancêtre éteint des branches en dérivant et qui symbolisent ses descendants. Le nom d’un noeud est celui du clade formé par cet ancêtre et tous ses descendants et non celui de l’ancêtre en question, qui est impossible à identifier car il y a peu de chances que ce soit une espèce fossile en particulier.