Etudier 75.000 patients

Cette étude est une aventure scientifique hors du commun. Il y a quelques années, plusieurs laboratoires spécialisés en génétique de la maladie de Crohn tentent de découvrir avant les autres un ou plusieurs gènes associés à la maladie. Une équipe du Giga-Research de l’université de Liège (pilotée par les professeurs Michel Georges et Edouard Louis) est dans la course. Grâce à des collaborations nouées avec plusieurs grands hôpitaux du pays, les Liégeois parviennent à recruter près de 3.000 personnes pour leur étude (1700 malades et 1500 sujets sains comme groupe de contrôle). Une quantité statistiquement suffisante pour isoler un premier gène manifestement impliqué dans la maladie de Crohn. En fait, nos chercheurs vont mettre en évidence plusieurs variantes de la même séquence génétique, dont une est présente chez 20 % des malades de Crohn et chez seulement 12 % des patients sains (lire l’article).

« Mais on s’est rendu compte que pour aller plus loin, il fallait absolument travailler sur un plus grand nombre de patients, explique le professeur Edouard Louis. Quatre équipes étaient engagées dans cette recherche : le NIH aux USA, le Welcome Trust Center en Grande-Bretagne, l’université de Kiel en Allemagne et le GIGA de Liège. Malgré la concurrence scientifique, cela s’est fait très spontanément, parce que tout le monde avait intérêt à collaborer. On a réglé ça en trois coups de téléphone. » Trois coups de téléphone pour faire naître un consortium scientifique mondial (aujourd’hui une trentaine de pays sont impliqués) qui recrute des patients aux quatre coins du monde, procède à l’analyse génétique d’échantillons de tissus intestinaux et qui vient de publier des résultats très complets dans le magazine Nature, qui portent cette fois sur 75.000 patients. Ce qui n’est pas moins spectaculaire dans cette étude, c’est le nombre de variants génétiques associés à la maladie de Crohn mis en évidence : 163, dont 71 étaient absolument inconnus ! « Nous avons doublé la connaissance de la maladie. Aucune pathologie n’est actuellement mieux génotypée que le Crohn, se réjouit Edouard Louis. »

Cette percée importante a été rendue possible par un vaste travail de méta-analyse (recoupement et comparaison) de quinze études anciennes, dont celle réalisée à Liège en 2008. Mais aussi grâce à l’utilisation d’un équipement génétique spécifique : une puce génétique (immunochip) spécialement mise au point pour l’étude des maladies immunes : Crohn, diabète, psoriasis, polyarthrite rumathoïde… La miniaturisation atteinte dans ce type d’équipement dépasse l’entendement. Une puce mesure 12 centimètres carrés, elle peut analyser l’ADN de 12 patients, soit un centimètre carré par patient. Sur chaque centimètre carré de la puce sont fixées des millions de petites boules qui chacune contiennent des brins simples d’ADN. L’étude en a testé 196.000 différents, qui contenaient tous un variant génétique (Single Nucleotide Polymorphism ou SNP) susceptible d’être impliqué dans la maladie de Crohn. Une fois déposé sur la puce, l’échantillon d’ADN du patient se recombinera avec les brins fixés sur la puce si la séquence génétique est la même, en d’autres termes si le patient est porteur d’un des 196.000 variants testés sur la puce.